هستي شناسي و انسان شناسي امام خميني تحت تاثير انديشه عرفاني قرار دارد.
امام خميني نزديكترين قرائت به اسلام حقيقي را، قرائت عارفان اعلام كرده است. به نظر وي هيچ‌يك از طوايف علمي از متكلمين و فلاسفه به اندازه عارفان به فهم دين و زبان دين قائل نشده‌اند. قبل از ورود در موضوع مقاله، فهم اين نكته ضروري است كه امام خميني در آثار كتبي و شفاهي‌اش به حضرت صديقه طاهره (س)، با زاويه ديد عرفان نگريسته‌اند. از طرفي امام چون به عزت اسلامي توجه خاص داشت و خود منظر عزت مسلمين بود، نسبت به مظالمي كه در دنيا نسبت به حقوق زن مي‌شد و بخشي از اين مظالم ناشي از قرائت‌هاي غلط از اسلام شكل گرفته بود، به شدت نسبت به حقوق زن حساس بود. مشاركت زنان مسلمان كه تا قبل از انقلاب مقوله‌اي فراموش شده بود با تهييج امام خميني در انقلاب اسلامي شكل گرفت. شاخص امام خميني در همه بحث‌هاي مربوط به حقوق زنان بر مبناي سيره مبارك حضرت فاطمه (س) و انديشه‌ها و گفتارهاي آن بزرگوار شكل مي‌گرفت. بنابراين به طور كلي حضرت فاطمه (س) در انديشه امام خميني در دو قسمت پررنگ است:
1. حوزه عرفان

2. حوزه سياست

الف – مقام عرفاني فاطمه (س)

امام خميني در آثارشان مقام ائمه اطهار (س) را به لحاظ مراتب معنوي و باطني مساوي رسول الله (ص) دانسته‌اند، اگرچه رسول اكرم (ص) در باطن اصل و ائمه (ع) پيرو و به تبع آن حضرت مطرح شده‌اند، اما از آنجا كه "كلهم نور واحد" هستند، ترتب پيامبر (ص) بر حضرت زهرا (س) ترتب زماني است و نه رتبي. به نظر امام خميني رسول اكرم (ص) و ائمه (ع) قبل از اين عالم، انواري بوده‌اند در ظل عرش، و در انعقاد نطقه و طينت از بقيه مردم امتياز داشته‌اند و مقاماتي دارند الي ماشاءالله، چنانكه در روايات معراج جبرئيل عرض مي‌كند:لو دنوت انمله لاحترقت (هرگاه كمي نزديكتر مي‌شدم، سوخته بودم) يا اين فرمايش كه" ان لنا مع الله حالات لايسعه ملك مقرب و لانبي مرسل" (ما با خدا حالاتي داريم كه نه فرشته مقرب آن را مي‌تواند داشته باشد و نه پيامبر مرسل"، اين جزء اصول مذهب ماست كه ائمه (ع) چنين مقاماتي دارند... اين مقامات سواي وظيفه حكومت است. (ولايت فقيه ص 53-54(مطابق اين انديشه‌، اگر حضرت زهرا (س) در زمان پيامبر (ص) مي‌بودند رسالت را بر عهده مي‌گرفتند.نكته عرفاني ديگري كه امام به تبع از عارفان بزرگوار اسلام در مقام حضرت زهرا (س) به خوبي تحليل كرده‌اند، در تفسير سوره ليله‌القدر است، عارفان در آثارشان نماد روز را به امير‌المومنين(ع) و نماد شب را به حضرت زهرا (س) تطبيق كرده‌اند. روز مظهر ولايت و شب مظهر غيب است.در روز ماه رمضان تكليف روزه‌داري بر عهده روزه دار است و در شب رمضان، تكليف برداشته مي‌شود. در روايات شيعه، ليله‌القدر را به صديقه طاهره (س) تطبيق نموده‌اند. در حقيقت ليله‌القدر از باطن مبارك فاطمه نازل مي‌شود. به اعتقاد امام خميني دلالت بر آنچه احتمال داديم از حقيقت ليله‌القدر مي‌كند حديث شريف طولاني كه در تفسير برهان از كافي شريف نقل فرموده و در آن حديث است كه نصراني مي‌گفت به حضرت موسي بن جعفر كه تفسير باطن " حم والكتاب المبين انا انزلناه في ليله مباركه اناكنا منذرين، فيها يفرق كل امر حكيم" (دخان11-4) چيست، امام فرمود: اما "حم" محمد صلي الله عليه و آله است و اما "كتاب‌ مبين" اميرالمومنين علي است و اما "اليله" فاطمه عليهما‌السلام است. (آداب‌الصلوه،329-330)